Kattuvate kodeerivate järjestustega geenid. On kolm kattuvate geenide põhitüüpi. 1. Promootor ja sellele järgnev geen on teise transkriptsioonilise ala sees, mille promootor ja transkriptsiooni stardikoodon asuvad ülesvoolu. Lugemisraam võib olla sama, enamasti aga erinev, sest ainult sel juhul moodustuvad erisugused valgud. 2. Teine geen võib olla tervikuna esimese geeni introni alas. 3. Teine geen võib olla esimese geeni suhtes antisenssahelas ja selle geeni transkriptsioon toimub vastassuunas.