qPCR (ka kineetiline PCR) viiakse läbi analoogselt tavalise PCR-ga, kuid sünteesitud DNA hulk kvantifitseeritakse geeni koopiaarvuna või normaliseerides geeni koopiaarvu raku unikaalse geeni koopiate suhtarvule, samuti geeni aktiivsuse määramisel mRNA hulga kvantifitseerimiseks temal pöördtranskriptaasiga de novo sünteesitud cDNA alusel. Kvantifitseerimiseks, kasutades fluorestseeruvaid värvaineid (fluorofoore).