Ebastabiilselt seondunud kaksikahelalised siRNA-d ja miRNA-d kaotavad eelistatult ühe RNA-ahela. Säilinud üksikahelaline RNA paardub aluspaaridevahelisel komplementaarsusprintsiibil talle spetsiifilise mRNA-molekuliga, millega pidurdatakse konkreetse geeni ekspressiooni.