Nukleiinhappemolekulid liiguvad tsentrifuugitopsis moodustuvas CsCl tihedusgradiendis punktini, kus nukleiinhappemolekuli ujuvtihedus on võrdne (tasakaalus) gradiendi vastava punkti tihedusega. Gradiendi saamiseks kasutatakse 6M CsCl-lahuse ultratsentrifuugimist 48–72 tunni jooksul kiirusel 30 000–50 000 rootori pööret minutis (rpm).