Bakterite perifeerses metabolismis osalevate ainete lagundamist määravad plasmiidid. Näiteks on pseudomonaadidel plasmiidid, mis määravad fenoolsete ühendite (PHE-plasmiid fenooli, TOL-plasmiid m-toluaadi, NAH-plasmiid naftaleeni, SAL-plasmiid salitsülaadi jt.), alkaanide (OCT-plasmiid nt. oktaani), kampri (CAM-plasmiid) jt. lagundamise. Bakterid on loodusliku selektiivse surve tingimustes õppinud lagundama ka ksenobiootilisi aineid, näiteks herbitsiidi 2,4-diklorofenoksüäädikhapet (2,4-D).