saitspetsiifiline rekombinatsioon (ingl. Site-specific recombination)

Saitspetsiifilise rekombinatsiooni toimumiseks piisab kahe DNA-segmendi vahelisest suhteliselt madalast nukleotiidide homoloogsuse tasemest. Näiteks toimuvad bakteriofaagide integratsioon bakterikromosoomi, integronide lülitumine teise DNA-molekuli koosseisu ning mõnede promootor- ja regulaatorjärjestuste inversioonid geenide ekspressiooni reguleerimisel patogeensetes bakterites just niisugusel viisil.