1. Kromosoomide (kogu karüotüübi) analüüs, mis põhineb erinevate kromosoomi värvumismeetodite tulemustel: vöödistiku jaotumine piki kromosoomi. 2. Kindla kromosoomipiirkonna (tavaliselt 80 kb – 500 mb) molekulaar-tsütogeneetiline uurimine, kasutades fluorestsentsmärgisega DNA-proove. 3. Somaatiliste rakuhübriidide geneetiline analüüs.